Die Gründung des Caritas Baby Hospitals und der Kinderhilfe Bethlehem gehen auf die Geschehnisse des Jahres 1948 zurück. Hunderttausende PalästinenserInnen wurden infolge der Staatsgründung Israels und des darauffolgenden Unabhängigkeitskrieges (israelische Geschichtsschreibung) bzw. der Nakba (arabisch für "Katastrophe", palästinensische Geschichtsschreibung) zu Flüchtlingen und Vertriebenen und lebten in großer Armut in Zelten.

Hedwig Vetter, eine Mitarbeiterin der Schweizer Caritas, reiste im Jahr 1949 nach Bethlehem. Dort sah sie sich mit der Not der palästinensischen Bevölkerung konfrontiert. Zusammen mit dem palästinensischen Arzt Dr. Antoine Dabdoub richtete sie ein Ambulatorium für Babys ein und legte damit die Basis für das Caritas Baby Hospital. 1952 erhielt der Walliser Pater Ernst Schnydrig von der Schweizer Caritas den Auftrag, sich ein Bild der Lage der palästinensischen Flüchtlinge vor Ort zu machen. In Bethlehem traf er auf Hedwig Vetter. Für beide war klar: als Christen wollten sie den Menschen im Geburtsort Jesu helfen.

Zurück in Europa trat Schnydrig in die Dienste des Deutschen Caritasverbandes und setzte sich fortan in der Schweiz und in Deutschland dafür ein, finanzielle Unterstützung für das Kinderkrankenhaus zu finden. 1963 gründete er schließlich den gemeinnützigen Verein Kinderhilfe Bethlehem mit Sitz in Luzern.

Im April 1978 wurde ein eigenes Krankenhausgebäude für das Caritas Baby Hospital eingeweiht. Das Kinderkrankenhaus entwickelt sich seither kontinuierlich weiter und orientiert sich an weltweiten medizinischen Standards.